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1、物理消毒法：使用物理方法杀灭或清除病原微生物及其他有害微生物称为物理消毒法。常用的物理消毒法有：机械除菌：通过冲洗、刷、擦、抹、扫、铲除、通风、过滤等达到清除屠宰流水线的有害微生物和去污目的。
2、热力消毒;包括煮沸、流通蒸汽、巴氏低温消毒、红外线消毒等。
3、紫外线消毒，目前屠宰流水线的紫外线杀菌多用253.7nm紫外线波长进行杀菌。
4、电离辐射消毒，利用r射线电子辐射能穿透物品，杀死其中的微生物所进行的低温灭菌方法，常用有电子辐射和钴60辐射。
5、化学消毒法：利用化学药剂进行屠宰流水线消毒杀菌的方法。